哈尔滨工程大学与黑龙江省科学院签署了联合培养研究生协议，这是省内国家重点大学首次与省属重点科研机构签署合作培养人才协议。按协议，双方可以接受来自对方的硕士、博士研究生在本单位完成部分课程学习或毕业课题的指导工作，双方可互聘研究生导师并相互承认学分。

黑龙江省科学院是省直属重要科研机构，现有6个研究所，4个省级工程技术研究中心、重点实验室以及20多家科技企业，每年承担几十项省部级以上的重点科技攻关项目。哈工程大学是国家重点建设的“211工程”大学，现有3个国家重点学科和24个省部级重点学科。大学和院所合作，科研单位不仅可以为研究生提供广阔的人才培养实习基地，又可使学生更深入地了解企业的实际需求，做到学研结合，学有所用。